La sous-direction des finances et du fonctionnement des services comprend :
- le bureau de la programmation budgétaire et du dialogue de gestion ;
- le bureau de l'organisation financière, de la réglementation comptable et du contrôle interne ;
- le bureau des systèmes d'information et de télécommunication ;
- le bureau de la tutelle des établissements ;
- le bureau du fonctionnement des services et des affaires immobilières.