Le stock comptable est déterminé sur la base du stock initial, d'une part, augmenté des entrées de la période, qui sont minorées, le cas échéant, des franchises fiscales forfaitaires accordées au titre de la circulation du produit en suspension de taxes, d'autre part, diminué des sorties de la période, qui sont majorées, le cas échéant, des franchises fiscales forfaitaires accordées au titre du séjour du produit dans l'entrepôt fiscal de stockage.
S'agissant des essences donnant lieu à récupération de composés organiques volatils, la détermination des quantités de ces composés organiques volatils ainsi que les modalités de leur prise en compte dans la comptabilité sont définies par arrêté du ministre chargé des douanes.
Le stock physique est établi au moins une fois par mois par le titulaire de l'entrepôt.