La direction des affaires maritimes comprend :
- la sous-direction de la sécurité maritime ;
- la sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime ;
- la sous-direction des activités littorales et maritimes ;
- la sous-direction des systèmes d'information maritimes ;
- la mission des affaires internationales ;
- la mission de la navigation de plaisance et des loisirs nautiques ;
- le groupe écoles - centre de formation et de documentation des affaires maritimes.
En outre, lui est rattaché le service de santé des gens de mer.
Le directeur est assisté d'un adjoint.