La sous-direction des ports, des voies navigables et du littoral :
- élabore les orientations de la politique relative aux ports maritimes et fluviaux et aux voies navigables ;
- planifie les projets de développement des infrastructures portuaires et de navigation intérieure ;
- oriente et contrôle la modernisation des réseaux de navigation intérieure ;
- traite des questions intéressant l'équipement, l'entretien et le développement des ports fluviaux et maritimes relevant de l'Etat ;
- exerce les attributions du ministre en matière de réglementation et de régulation économique des infrastructures portuaires et de navigation intérieure ainsi que la réglementation relative à l'usage des infrastructures portuaires et aux services de manutention portuaire ;
- élabore et met en oeuvre les réglementations relatives à la police portuaire, à la sécurité et à la sûreté des infrastructures portuaires et des voies navigables ;
- anime et coordonne l'action des services déconcentrés dans ses domaines de compétence ;
- exerce les attributions du ministre relatives à la tutelle des ports relevant de l'Etat et de Voies navigables de France et de la Compagnie nationale du Rhône ;
- prépare et conduit, en liaison avec la mission Europe et international, les actions européennes et internationales dans les domaines relevant de sa compétence ;
- élabore la réglementation relative au domaine public maritime ;
- coordonne les actions relatives à la mise en valeur du domaine public maritime ;
- contribue à la définition et à la mise en oeuvre de la politique d'aménagement et de mise en valeur du littoral.