Le service de santé des gens de mer exerce les attributions suivantes :
Assurer les visites médicales d'aptitude physique à la profession de marin et participer au contrôle des navires dans le cadre des commissions de sécurité. Réaliser, en tant que service de médecine de prévention au profit des gens de mer, la surveillance médicale spéciale des personnels embarqués et vérifier les conditions de vie et de travail à bord. Maintenir pour les gens de mer une consultation médicale à distance par le centre de consultation médicale maritime (CCMM). Organiser et coordonner les activités des médecins et infirmiers affectés sous ses ordres dans les services déconcentrés. Etre le correspondant de la direction centrale du service de santé des armées pour les personnels médecins militaires de ce service et celui de la direction des personnels militaires de la marine pour les infirmiers. Prendre part aux travaux des instances européennes et internationales compétentes dans ses domaines d'attributions.