Le non-respect des conditions de production ou un refus de contrôle par un opérateur entraîne l'invalidation de sa déclaration d'aptitude. Cette invalidation est décidée et notifiée par le directeur de l'INAO qui peut consulter préalablement, pour avis, une commission dite « commission conditions de production ».
La commission conditions de production est composée de membres figurant sur une liste arrêtée par le directeur de l'INAO sur proposition du syndicat de défense de l'appellation d'origine contrôlée « Pomme du Limousin ». Les personnes figurant sur cette liste sont notamment choisies parmi les familles de producteurs, de conditionneurs de l'appellation et d'autres personnes qualifiées.
La décision d'invalidation peut être accompagnée de l'obligation pour l'opérateur concerné de présenter un plan de mise en conformité des conditions de production.
L'invalidation de la déclaration d'aptitude se traduit par une incapacité à produire et à commercialiser des pommes sous le nom de l'appellation d'origine contrôlée « Pomme du Limousin » pour la campagne en cours.
Pour retrouver leur capacité à produire et commercialiser des pommes sous l'appellation d'origine contrôlée « Pomme du Limousin » la campagne suivante, les opérateurs doivent déposer auprès des services de l'INAO une nouvelle déclaration d'aptitude et apporter la preuve auprès du directeur dudit institut que toutes les conditions de production de l'appellation d'origine contrôlée sont à nouveau respectées.