Pour la préparation et l'exécution des mesures de défense lui incombant, le ministre chargé de la santé est assisté d'un haut fonctionnaire de défense et de sécurité. Un officier général ou supérieur du service de santé des armées, désigné sur décision conjointe du ministre de la défense et du ministre chargé de la santé, est placé auprès de ce haut fonctionnaire, pour assurer la liaison et faciliter la coopération entre les services de santé civil et militaire.
Pour ces mêmes fonctions, le ministre chargé de la santé dispose de l'ensemble des services et organismes relevant de son autorité, ainsi que de ceux placés sous son contrôle.