L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Institut des hautes études pour la science et la technologie, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement. Elle contribue notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance. Elle en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'ordonnateur, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.
Il établit un rapport annuel sur la gestion budgétaire et financière de l'établissement qu'il transmet au ministre chargé du budget et aux ministres intéressés, ainsi qu'à l'ordonnateur.