Une prime liée aux compétences certifiées peut être attribuée aux agents qui obtiennent un certificat interne de compétences approfondies, qui a pour objet de valider et de certifier un effort particulier de développement de compétences dans un des domaines d'expertise intéressant l'ANPE et définis par décision du directeur général après avis du comité consultatif paritaire national.
Le montant forfaitaire de la prime varie selon le niveau du certificat acquis.
L'agent qui a obtenu un premier certificat peut, tous les deux ans, présenter une candidature pour en préparer un nouveau.