L'université Paris-Dauphine est dirigée par un président et administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des études et de la vie universitaire.
Elle est composée de départements, d'instituts et de services communs, dont la liste est fixée dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.