Article 15 (Décret n° 2003-1288 du 23 décembre 2003 relatif à l'organisation administrative, budgétaire et comptable de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger et modifiant le décret n° 76-832 du 24 août 1976 relatif à l'organisation financière de certains établissements ou organismes de diffusion culturelle et d'enseignement dépendant du ministère des affaires étrangères)

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.
Des comptables secondaires sont nommés dans les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par arrêté conjoint du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget. Plusieurs établissements en gestion directe peuvent être dotés du même comptable secondaire.
A la fin de chaque exercice, l'agent comptable de l'agence prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les établissements d'enseignement.