Article 10 (Décret n° 2003-1288 du 23 décembre 2003 relatif à l'organisation administrative, budgétaire et comptable de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger et modifiant le décret n° 76-832 du 24 août 1976 relatif à l'organisation financière de certains établissements ou organismes de diffusion culturelle et d'enseignement dépendant du ministère des affaires étrangères)

Le directeur de l'agence est nommé pour trois ans par décret sur proposition du ministre des affaires étrangères.
Il est assisté d'un directeur adjoint et d'un secrétaire général. Le directeur adjoint assure l'intérim du directeur de l'agence en cas de vacance ou d'empêchement.