Les déchets et sous-produits sont stockés, avant leur revalorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement.
Les stockages temporaires, avant recyclage ou élimination des déchets spéciaux, sont réalisés sur des cuvettes de rétention étanches et protégés des eaux météoriques.
Le transport des déchets animaux et des sous-produits animaux non destinés à la consommation humaine doit être conforme à la réglementation sanitaire en vigueur.
Le transport de tous les autres déchets, résidus et sous-produits doit être assuré dans des véhicules étanches et dédiés.
Avant tout départ, les véhicules ayant circulé sur une zone souillée doivent faire l'objet d'un nettoyage adapté.