Le préfet transmet l'ensemble du dossier au directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement. Celui-ci établit un rapport et donne son avis sur la demande d'autorisation et les résultats de l'enquête.
Ce rapport et cet avis sont présentés à la commission départementale prévue à l'article L. 1416-1 du code de la santé publique. Le pétitionnaire a la faculté de se faire entendre par la commission ou de désigner à cet effet un mandataire. Il est informé par le préfet au moins huit jours à l'avance de la date et du lieu de la réunion de la commission et reçoit simultanément un exemplaire des propositions du directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement.