La coordination des deux sections visées à l'article 3 du décret du 27 mai 2002 susvisé est assurée par un secrétariat général placé sous l'autorité du président.
Le secrétariat général est chargé de l'administration générale de la mission interministérielle aux rapatriés ; il assure à ce titre le traitement des questions budgétaires, la gestion des personnels et des questions relatives aux affaires immobilières et mobilières.
Il suit les questions relatives à la mémoire de l'oeuvre de la France d'outre-mer et les relations avec les associations de rapatriés.