Le conseil d'administration est composé de douze membres. Il comprend :
- le président du conseil général, et trois membres du conseil général élus par cette assemblée ;
- le président du conseil régional, et trois membres du conseil régional élus par cette assemblée ;
- quatre maires ou présidents d'établissements publics de coopération intercommunale ou de syndicats mixtes, désignés par le représentant de l'Etat, sur proposition des associations représentatives des maires du département, et choisis, en priorité, parmi ceux des communes, des établissements publics de coopération intercommunale ou des syndicats mixtes mentionnés au II de l'article 2 ci-dessus.
Le président du conseil général et le président du conseil régional assurent alternativement, pour une période de deux ans, la présidence du conseil d'administration de l'agence.
Le président du conseil d'administration a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.