Pour les catégories les plus usuelles de traitements automatisés portant sur des données ne permettant pas une identification directe des personnes concernées, la commission ou, par délégation, le président ou le vice-président délégué établit, en concertation avec le comité consultatif et les organismes publics et privés représentatifs, des méthodologies de référence. La liste de ces organismes est fixée par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé.
La commission ou, par délégation, le président ou le vice-président délégué homologue les méthodologies de référence ainsi établies. Celles-ci sont publiées au Journal officiel de la République française.