L'instruction des décisions de reconnaissance d'une zone ou d'une exploitation indemne est faite par le préfet de région de sa propre initiative ou sur demande de l'exploitant intéressé. Il fait vérifier par la direction régionale des affaires maritimes compétente le respect des conditions exigées en vue de la délivrance du statut.
La proposition de reconnaissance est adressée par le ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines à la Commission des communautés européennes, qui délivre l'agrément. Si le ministre refuse de formuler cette proposition, ce refus est motivé.