L'établissement est dirigé par un directeur, nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.
En cas de vacance provisoire de l'emploi de directeur ou d'empêchement de celui-ci, ses fonctions sont exercées par un agent de l'établissement nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.
Le directeur dirige l'établissement et est responsable de son bon fonctionnement. Il exerce toutes les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité et notamment :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, auquel il rend compte de sa gestion ;
2° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
3° Il prépare le budget et l'exécute ;
4° Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'établissement ;
5° Il recrute le personnel de l'établissement ;
6° Il exerce l'autorité hiérarchique sur le personnel ;
7° Il conclut au nom de l'établissement les marchés publics et les contrats ;
8° Il négocie les conventions prévues à l'article 9 du présent décret et les signe après leur approbation par le conseil d'administration ;
9° Il assure le secrétariat du conseil d'administration et du comité de surveillance.