La sous-direction du soutien aux territoires et aux acteurs ruraux conçoit les politiques d'aménagement de l'espace rural, de la gestion durable des ressources naturelles utilisées par l'agriculture et par la forêt, des infrastructures rurales et veille à leur mise en oeuvre et évaluation. Elle participe à la conception et à la mise en oeuvre de la politique nationale de l'aménagement du territoire, des politiques de développement et d'animation des territoires.
Elle contribue à rendre les territoires ruraux attractifs et veille à la prise en compte des territoires ruraux dans les politiques nationales.
Elle prépare et promeut des actions contribuant à la valorisation et à la diversification des activités des acteurs agricoles et ruraux.
Elle assure les relations avec les associations d'animation et de développement rural et participe aux relations interministérielles concernant la vie associative.
Elle participe à la définition des zones à enjeux particuliers et à l'élaboration des politiques qui y sont liées. Elle assure la délimitation des zones de montagne et défavorisées.
Elle prépare la réglementation relative à l'aménagement foncier et veille à son application.
Elle gère le Fonds national pour le développement des adductions d'eau et participe à la gestion du Fonds d'amortissement des charges d'électrification.
Elle contribue à l'élaboration de pratiques d'agriculture raisonnée et à la réduction des pollutions agricoles.
Elle représente le ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales au plan interministériel sur les questions relatives à l'eau, aux sols, au paysage et à la diversité biologique.