La sous-direction des missions opérationnelles, dirigée par un fonctionnaire du corps de conception et de direction de la police nationale, constitue l'organe de commandement opérationnel de la direction centrale des compagnies républicaines de sécurité pour ce qui relève des unités de service général des compagnies républicaines de sécurité.
Elle élabore, par ailleurs, les principes de la participation des compagnies républicaines de sécurité aux missions spécialisées : la police et la sécurité routière et autoroutière, la surveillance des lieux de baignade et le secours en montagne.