Le ministre chargé de la santé nomme pour chaque section, parmi les membres de celle-ci, un président et un vice-président. En cas d'absence du président, le vice-président le supplée dans ses fonctions.
Chacun des présidents de section assure pendant un an la présidence du conseil supérieur. Le ministre chargé de la santé procède chaque année à cette désignation, en observant l'ordre des sections énumérées à l'article R. 1416-4.