Le CEND se réunit au moins une fois par an en séance plénière sur convocation de son président. L'ordre du jour est fixé par le président sur proposition de ses membres.
Un compte rendu, signé par le président, incluant ses avis ou recommandations, accompagné des réserves qui auraient pu être formulées par un ou plusieurs de ses membres, est adressé au ministre après chaque séance. Il est transmis à tous les membres du CEND.