Le projet agronomique est constitué d'un ensemble de prescriptions visant à maîtriser les pollutions liées aux effluents d'élevage et pouvant être engendrées par les pratiques agronomiques de l'agriculteur sur son exploitation et sur les parcelles d'épandage mises à disposition par des tiers.
Par ailleurs, il comporte une liste d'indicateurs de risque de pollution lié aux pratiques agronomiques qui montrent que le respect des prescriptions permet la maîtrise des pollutions.