La commission se réunit sur convocation de son président.
Pendant la durée de la manifestation aérienne, celui-ci peut convoquer la commission interministérielle de contrôle sans délai préalable.
Pendant la manifestation aérienne, au moins un représentant de la commission interministérielle de contrôle est présent sur le site.
Si un désaccord surgit au sein de la commission, il en est rendu compte aux ministres par leurs représentants au sein de la commission.
Avant d'arrêter ses décisions ou ses avis, la commission peut recueillir les explications ou l'avis du commissaire général. Décisions et avis sont notifiés par écrit. Quand, exceptionnellement, ils ont été communiqués verbalement, ils font le plus rapidement possible l'objet d'une confirmation écrite.
Le commissaire général, ou son suppléant, peut demander la réunion de la commission.
Le président et les membres de la commission interministérielle de contrôle peuvent inviter aux réunions de la commission interministérielle de contrôle toute personne qu'ils jugent utile d'entendre.
Les personnes participant aux travaux de la commission, à quelque titre que ce soit, sont tenues au secret professionnel.
Chaque réunion de la commission donne lieu à un relevé de décisions.
Le président revêt de sa signature tout avis et décision émis par la commission.
La commission interministérielle de contrôle peut mandater son président pour prendre en son nom toutes mesures utiles en cas d'urgence ; il en rendra compte aux membres de la commission dès que possible.