A la fin des travaux, le déclarant adresse au préfet un compte rendu de chantier qu'il aura établi au fur et à mesure de l'avancement de celui-ci, dans lequel il retrace le déroulement des travaux, toutes les mesures qu'il a prises pour respecter les prescriptions ci-dessus ainsi que les effets qu'il a identifiés de son aménagement sur le milieu et sur l'écoulement des eaux. Il communique également un plan de récolement retraçant le profil en long et en travers du cours d'eau dans la zone aménagée. Ce compte rendu doit être gardé à la disposition des services chargés de la police de l'eau.
Lorsque les travaux sont réalisés sur une période de plus de six mois, le déclarant adresse au préfet un compte rendu d'étape à la fin de ces six mois puis tous les trois mois.
En fonction des spécificités, notamment piscicoles, du cours d'eau et des spécificités de l'aménagement réalisé, le préfet peut exiger du déclarant le suivi, sur une période d'au moins un an, des effets de son aménagement, en particulier sur les migrations des poissons. Au vu des résultats de ce suivi, des prescriptions complémentaires peuvent être imposées par le préfet.