La sous-direction des affaires financières coordonne et contrôle la préparation et l'exécution du budget du ministère et des comptes spéciaux du Trésor qui en relèvent. A ce titre, elle est responsable de la production des documents budgétaires, des annexes et des questionnaires liés à la négociation budgétaire et au débat parlementaire.
Elle assure la tenue de la comptabilité de l'ordonnateur principal.
Elle participe à l'élaboration de la réglementation budgétaire, comptable et de contrôle ainsi qu'à ses modalités d'application aux services du ministère et aux établissements placés sous sa tutelle.
Elle est le correspondant pour le ministère de la Cour des comptes et de la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale en ce qui concerne les contrats de plan Etat-régions.
Elle a en charge dans ces domaines l'animation des réseaux de métiers et participe à la définition des actions de formation correspondantes.
Elle est chargée, au niveau ministériel, de la coordination des systèmes d'information budgétaires, comptables et de gestion ainsi que de leur déploiement et participe aux travaux interministériels s'y rapportant.
Dans le domaine communautaire et sans préjudice des compétences dévolues à la direction des affaires économiques et internationales, elle coordonne l'action du ministère pour les questions à caractère budgétaire, comptable, fiscal ou monétaire.
Elle apporte à l'ensemble des services le concours de sa compétence pour toutes les questions financières dont ils ont à connaître.