Il est créé des groupes de travail, dont les missions sont définies par le règlement intérieur ; ils comprennent des personnalités extérieures à la commission qui instruisent les dossiers qui leur sont soumis.
Ces groupes de travail mènent une réflexion sur les titres envisagés dans le cadre des collections coéditées par le Centre national des arts plastiques et transmettent leurs propositions ainsi que des avis motivés à la commission sur les dossiers qu'ils ont examinés.