Le directeur de l'Ecole nationale de la santé publique établit les modalités du contrôle continu des connaissances. Ce contrôle continu, organisé tout au long des dix-huit mois de formation, prend la forme d'épreuves individuelles et collectives. Les notes des différentes épreuves sont attribuées par les enseignants de l'Ecole nationale de la santé publique et notifiées par le directeur aux inspecteurs-élèves au fur et à mesure.