Le lait utilisé pour la fabrication doit provenir uniquement d'un troupeau laitier de vaches montbéliardes, type racial 46, ou de vaches Simmental française, type racial 35, ou des produits du croisement des deux races aux filiations certifiées.
Les systèmes d'affouragement basés sur le zéro pâturage intégral sont interdits.
Seuls sont autorisés dans l'alimentation des animaux les végétaux, les coproduits et aliments complémentaires issus de produits non transgéniques. L'implantation de cultures transgéniques est interdite sur toutes les surfaces d'une exploitation produisant du lait destiné à être transformé en AOC « Comté ». Cette interdiction s'entend pour toute espèce végétale susceptible d'être donnée en alimentation aux animaux de l'exploitation, et toute culture d'espèce susceptible de les contaminer.
Sur l'exploitation, la superficie herbagère effectivement exploitée doit être au minimum égale à un hectare par vache laitière.
La productivité laitière des surfaces consacrées à l'affouragement du troupeau laitier est plafonnée à 4 600 litres de lait par hectare de surface potentiellement fourragère définie à l'article 1er, ou, pour des raisons liées au maintien de la qualité et de la spécificité du Comté, à des niveaux qui, selon la nature des prairies ou la qualité des récoltes, peuvent être inférieurs, selon des modalités prévues au règlement technique d'application.
Le chargement du cheptel laitier de l'exploitation ne peut être supérieur à 1,3 UGB par hectare de surface fourragère.
Les produits d'ensilage et les autres aliments fermentés, dont les balles enrubannées, sont interdits toute l'année sur l'exploitation produisant du lait à Comté et dans l'alimentation du troupeau laitier comprenant les vaches laitières en production ou taries et les génisses. Toutefois, les exploitations qui élèvent un autre troupeau que le troupeau laitier, totalement séparé du troupeau laitier, peuvent, par dérogation, récolter et distribuer ces types d'aliments à cet autre troupeau sous réserve de mettre en oeuvre toutes les dispositions nécessaires pour qu'aucun risque de contamination du lait par les germes butyriques ne soit pris, notamment les dispositions prévues dans le règlement technique d'application.
La ration de base des vaches laitières doit être constituée de fourrages issus de prairies situées dans l'aire géographique définie à l'article 1er du présent décret. Exceptionnellement, l'apport de fourrages extérieurs à la zone d'appellation pourra se faire en appoint.
L'entretien des surfaces fourragères, les systèmes de fertilisation, les systèmes d'alimentation, la nature des fourrages et des aliments complémentaires autorisés, l'alimentation d'un autre cheptel que les vaches laitières sur l'exploitation, la traite et la livraison du lait doivent être conformes au règlement technique d'application.