Le service de la fonction comptable de l'Etat comprend deux sous-directions :
1° La sous-direction des comptes de l'Etat et des normes et audits internes comptables conçoit et anime les dispositifs de contrôle interne et d'audit interne destinés à assurer la qualité comptable dans tous les domaines d'activité de l'Etat ayant un impact comptable.
Elle définit l'ensemble des procédures comptables relatives aux opérations de l'Etat et produit tous documents synthétiques retraçant les comptes de l'Etat. Elle procède à la vérification et à la mise en état d'examen des comptes en vue de leur production à la Cour des comptes. Elle effectue des synthèses économiques pour la comptabilité nationale et produit des indicateurs de finances publiques.
Elle définit la réglementation propre aux opérations de trésorerie de l'Etat, assure les relations avec la Banque de France et La Poste et définit les conditions de mise en oeuvre des moyens de paiement dans les services déconcentrés du Trésor public.
2° La sous-direction de l'organisation comptable et de la modernisation de la dépense publique est chargée de l'organisation comptable de l'Etat, de la piloter et de l'animer.
Elle participe à la réglementation et à la modernisation des procédures de recette, de dépense et des opérations de trésorerie de l'Etat en métropole et à l'étranger ainsi qu'à leur suivi. Conjointement avec la direction du budget, elle élabore les procédures de contrôle financier déconcentré et en suit l'application. Elle aide à la définition des circuits financiers et comptables publics des fonds européens et des contrôles associés.
Elle définit et suit l'application des règles budgétaires, financières et comptables régissant la gestion des établissements publics nationaux, des établissements publics locaux d'enseignement et des organismes de sécurité sociale. Elle soutient et anime le réseau des agents comptables de ces organismes.