L'agence de santé est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.
Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées par un arrêté des ministres chargés du budget, de l'outre-mer et de la santé.