L'état-major des armées est notamment organisé en divisions, commandées par des officiers généraux, et en bureaux.
Sur le plan fonctionnel, chaque sous-chef d'état-major a autorité sur ces divisions et bureaux, à l'exception de la division études, stratégie militaire générale et pilotage, pour diriger et coordonner leurs activités dans son domaine de compétence.
Chaque sous-chef d'état-major peut se voir confier des attributions particulières pour la mise en oeuvre de mesures résultant des dispositions des lois de finances entrant dans le champ des responsabilités du chef d'état-major des armées.
Sur le plan organique, chacune des structures de l'état-major relève du major général ou de l'un des quatre sous-chefs dans les conditions suivantes :
1° Division relevant du major général des armées :
- la division études, stratégie militaire générale et pilotage.
2° Centre, divisions et bureau relevant du sous-chef d'état-major opérations :
- le centre de planification et de conduite des opérations ;
- la division emploi ;
- la division forces nucléaires ;
- le bureau géographique interarmées.
3° Divisions relevant du sous-chef d'état-major relations internationales :
- la division euratlantique ;
- la division monde ;
- la division maîtrise des armements.
4° Divisions relevant du sous-chef d'état-major plans :
- la division plans, programmes et évaluation ;
- la division espace-programmes interarmées ;
- la division capacités et équipements.
5° Divisions et bureaux relevant du sous-chef d'état-major organisation :
- la division soutien logistique interarmées ;
- la division organisation et ressources humaines ;
- le bureau de modernisation de l'administration des armées ;
- le bureau budget et finances.
L'état major des armées comprend également, relevant de l'officier général adjoint au major général des armées :
- le quartier général de l'état-major des armées ;
- la chancellerie de l'état-major des armées.