Le Conseil supérieur de l'administration territoriale de l'Etat exerce une mission générale de conseil et de soutien aux préfets et sous-préfets en poste territorial, s'agissant notamment de la mise en oeuvre, à l'échelon territorial, des politiques de l'Etat et de la conduite de réformes touchant à l'administration territoriale de l'Etat.
Il peut également intervenir à leur demande en cas de difficulté rencontrée dans l'exercice de leurs missions.
Il peut adresser des propositions au ministre de l'intérieur sur les conditions d'exercice des missions qui incombent aux préfets et sous-préfets en poste territorial.
Il peut également se voir confier par le ministre de l'intérieur et, en accord avec ce dernier, par tout ministre intéressé des missions d'audit et d'étude relatives à l'administration territoriale de l'Etat.
Il assiste le ministre de l'intérieur dans l'évaluation des préfets en poste territorial ainsi que, conjointement avec ces derniers, dans celle des sous-préfets.