Pour le calcul du nombre d'indemnités de mission, le déplacement est réputé commencer à l'heure du départ de la résidence administrative de l'agent et se terminer à l'heure du retour dans sa résidence administrative. L'administration peut décider de remplacer la résidence administrative par la résidence familiale pour tenir compte de certaines situations, soit pour l'aller et le retour, soit pour l'un des deux seulement, et doit le préciser dans l'ordre de mission.
L'administration peut autoriser l'agent à arriver la veille de la mission ou à repartir le lendemain de la mission. Cette autorisation doit figurer expressément sur l'ordre de mission.
En cas d'utilisation des transports en commun, l'heure de départ et l'heure de retour sont celles prévues par les horaires officiels des compagnies de transport. Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il emprunte le moyen de transport en commun et, inversement, pour en revenir, un délai forfaitaire d'une heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à une heure et demie en cas d'utilisation de l'avion ou du bateau.
Le temps passé à bord d'un avion ou d'un bateau n'ouvre droit à aucun remboursement forfaitaire, sauf dans le cas où le prix du passage ne comprend pas la fourniture des repas.