Dans le cadre de la politique de recherche définie par le Gouvernement, l'Agence nationale de la recherche a pour mission de financer et de promouvoir le développement des recherches fondamentales, appliquées et finalisées, l'innovation et le transfert technologiques et le partenariat entre le secteur public et le secteur privé.
Elle met en oeuvre la programmation définie par sa tutelle après avis des ministères qui exercent la tutelle d'organismes de recherche ou d'établissements publics d'enseignement supérieur et de recherche, en s'appuyant notamment sur les propositions de comités sectoriels créés à cet effet. Elle tient informés les ministères intéressés de l'exécution de cette programmation.