La délégation est dirigée par un délégué assisté de trois directeurs respectivement chargés :
a) De la coordination et de l'action interministérielle ;
b) De l'accompagnement des mutations économiques ;
c) De la prospective, des études, de l'évaluation et de l'action internationale.
Le directeur chargé de la coordination et de l'action interministérielle exerce les fonctions d'adjoint au délégué.