Le chef du service est nommé par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie sur proposition conjointe du directeur général des douanes et droits indirects et du directeur général de la concurrenne, de la consommation et de la répression des fraudes. II est assisté d'un adjoint.
Conformément aux orientations fixées conjointement par les deux directeurs, il propose un programme d'activité au comité stratégique. Il en assure la mise en oeuvre et en rend compte audit comité.