L'établissement est administré par un conseil d'administration et est doté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un président, assisté d'un directeur général.
Le conseil d'administration comprend :
1° Sept représentants de l'Etat :
a) Le directeur chargé de l'administration générale au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
b) Le directeur chargé de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
c) Le directeur chargé du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
d) Le directeur chargé des entreprises au ministère chargé de l'industrie ou son représentant ;
e) Le directeur chargé de la conduite des activités de recherche au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
f) Le directeur chargé de l'enseignement scolaire au ministère chargé de l'éducation nationale ou son représentant ;
g) Le directeur du palais de la Découverte ou son représentant ;
2° Cinq personnalités dont :
a) Deux personnalités choisies en raison de leur compétence, nommées par décret pour une durée de cinq ans, sur proposition conjointe du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche ;
b) Un député et un sénateur ;
c) Un représentant de la ville de Paris ;
3° Six représentants du personnel élus pour une durée de cinq ans dans les conditions prévues au chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée. Leur statut est celui que définit le chapitre III de ce titre.
En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
La vice-présidence du conseil est assurée par le directeur chargé de la conduite des activités de recherche au ministère chargé de la culture ou son représentant. En cas d'absence ou d'empêchement du président, le vice-président convoque le conseil d'administration et en assure la présidence.