Les membres de la commission sont nommés pour six ans par arrêté du préfet de région, coordonnateur de bassin. Leur mandat est renouvelable.
Les membres de la commission décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés sont remplacés selon les mêmes modalités pour la durée du mandat restant à courir.