La mission du transport intermodal de marchandises est en charge des attributions suivantes :
- pilotage de la politique du transport de marchandises en liaison avec la direction des transports ferroviaires et collectifs pour les sujets liés au fret ferroviaire et au transport de marchandises en ville ;
- observation (marchés et acteurs) et analyse économique (prix et coûts) du secteur, pour tous les types de transport intermodal (fer, route, voie d'eau, mer) et logistique ;
- proposition et contribution à la prise en compte de l'intermodalité dans les mesures et décisions préparées par les sous-directions de la direction des transports maritimes, routiers et fluviaux et de la direction des transports ferroviaires et collectifs pour les sujets liés au fret ferroviaire ;
- soutien au secteur, avec la programmation et la gestion des aides d'exploitation et d'investissement et la coordination avec les autres dispositifs d'aides ;
- préparation et conduite des actions européennes et internationales, en liaison avec la mission Europe et international ;
- suivi des autoroutes de la mer, des autoroutes ferroviaires et de la desserte terrestre des ports ;
- suivi en liaison avec la mission des transports intelligents des questions touchant aux systèmes d'information utilisés dans le transport de fret.