La direction des transports ferroviaires et collectifs comprend :
La sous-direction des infrastructures de transports ferroviaires et collectifs, qui comprend :
- le bureau des grandes opérations d'infrastructures ;
- le bureau des opérations contractualisées ;
- le bureau du réseau ferré national et de la synthèse budgétaire.
La sous-direction des services de transports ferroviaires et collectifs, qui comprend :
- le bureau des politiques de déplacements, de l'évaluation et des études ;
- le bureau des services et des opérateurs ferroviaires ;
- le bureau des services et des opérateurs de transports collectifs.
La sous-direction de la sécurité, de l'organisation et des affaires européennes et internationales des transports ferroviaires et collectifs, qui comprend :
- le bureau de la sécurité et de l'interopérabilité des transports ferroviaires des remontées mécaniques et des transports guidés ;
- le bureau de l'organisation des transports ferroviaires et collectifs ;
- le bureau de l'accès aux professions et aux marchés des transports ferroviaires et collectifs.
La mission du financement des infrastructures.
La mission de la sûreté et de la prévention de la délinquance.
Le directeur est assisté d'un adjoint.