La sous-direction des affaires budgétaires coordonne et contrôle la préparation du budget du ministère, ainsi que la programmation et l'exécution des dépenses.
Elle applique et contrôle les procédures comptables relatives à l'exécution du budget. Elle assure la mise en place des crédits et les rattachements budgétaires, y compris d'origine communautaire. Elle contrôle la gestion des crédits. Elle vérifie et arrête les comptes des ordonnateurs. Elle coordonne les relations avec la Cour des comptes et avec les comptables assignataires.
Elle assure la définition, la réalisation et la mise en oeuvre des systèmes automatisés de traitement de la comptabilité, ainsi que la conception et l'organisation de la formation des personnels à l'utilisation de ces systèmes et à l'application de la réglementation comptable.
Elle assure le suivi financier et approuve les comptes et les budgets des offices d'intervention et des établissements publics rattachés au ministère, à l'exception de ceux relevant de l'enseignement et de la recherche.
Elle étudie les différentes catégories de dépenses publiques bénéficiant à l'agriculture, procède à l'évaluation de leur montant et à l'analyse de leur impact sur le secteur agricole.
Elle coordonne l'analyse de la performance dans le cadre de la mise en oeuvre du budget.