La mission sûreté-défense de la direction générale de la mer et des transports assure le pilotage de l'ensemble des questions de sûreté et de défense liées aux transports terrestres et maritimes, du ressort de la direction générale de la mer et des transports, en liaison avec les directions concernées et le service de défense et de sécurité du haut fonctionnaire de défense.
La mission sûreté-défense élabore la doctrine et assure la veille sur l'ensemble des sujets de sûreté et de défense concernant les transports terrestres et maritimes en liaison avec le service de défense et de sécurité du haut fonctionnaire de défense.
Elle suit avec les directions concernées l'état d'avancement des plans de sûreté, la planification et la réalisation des audits et inspections de sûreté.
Elle participe à l'animation des services déconcentrés sur les thèmes de la défense et de la sûreté.
La mission assure les fonctions de point de contact telles que définies par les dispositions communautaires et internationales et met en place à cet effet un dispositif de permanence téléphonique au sein de la direction générale de la mer et des transports.
Sur décision du directeur général de la mer et des transports, une cellule de crise composée de personnels issus des directions de la direction générale de la mer et des transports peut être activée au sein de la mission.
Elle coordonne l'action des directions en situation de crise ou d'exercice en liaison avec le haut fonctionnaire de défense.