Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président, qui arrête l'ordre du jour après avis du directeur de l'agence.
Il est également convoqué par son président à la demande du ministre de l'intérieur, du ministre des affaires étrangères ou de la majorité de ses membres.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour ouvrent droit à remboursement dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.