L'établissement public est administré par un conseil d'administration qui comprend, outre son président :
1° Deux membres du Parlement :
a) Un député ;
b) Un sénateur ;
2° Deux représentants de collectivités territoriales :
a) Un représentant de la ville de Paris ;
b) Un représentant de la région Ile-de-France ;
3° Sept membres de droit :
- le directeur de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
- le directeur des musées de France au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le délégué au développement et aux affaires internationales au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur général de la coopération internationale et du développement au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
- le directeur général de l'Organisation des Nations unies pour l'éducation, la science et la culture ou son représentant ;
4° Quatre personnalités qualifiées nommées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de la culture ;
5° Trois représentants du personnel, élus pour une durée de trois ans, selon des modalités fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de la culture, ou leurs suppléants.
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 1°, 2° et 4° sont nommés pour trois ans. Leur mandat est renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'établissement pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services, ni assurer des prestations pour ces entreprises. A l'exception du président et des représentants du personnel, ils ne peuvent prêter leur concours à titre onéreux à l'établissement.
Les représentants élus du personnel au conseil d'administration bénéficient chacun d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de leurs missions. Les autres membres du conseil d'administration, à l'exception du président de l'établissement, exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat. Sur décision motivée du président, l'indemnisation des personnalités qualifiées peut s'effectuer pour la prise en charge du transport sur la base d'une classe affaires ou d'une première classe, quelle que soit la durée du voyage, et pour les indemnités journalières, sur la base d'une majoration ne pouvant excéder les cinq tiers des taux applicables aux agents de groupe I tel que défini par le décret du 12 mars 1986 susvisé.