Le classement et la répartition des mobiliers archéologiques dans le dépôt sont effectués en fonction de la nature des matériaux qui les constituent, de leur fragilité, de leur sensibilité aux variations du climat, de leur poids et de leur encombrement. Ils sont aisément accessibles et manipulables. Les objets précieux ou fragiles font l'objet de mesures de conservation et de protection particulières.
Le conditionnement des objets est réalisé selon les modalités de la conservation préventive des matériaux stockés : emballages, supports et meubles de stockage adaptés et stables.