Les Thermes nationaux d'Aix-les-Bains sont soumis au régime financier et comptable prévu par les articles 3 à 62, 151 à 153 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.
L'agent comptable des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget.