Chaque organisme certificateur agréé adresse chaque année au ministre chargé de l'agriculture et au ministre chargé de la consommation un rapport d'activité incluant notamment un bilan de son fonctionnement, un état récapitulatif des actions correctives demandées aux bénéficiaires de certifications et des sanctions prononcées à leur encontre, ainsi que des informations économiques sur les produits certifiés. Ce rapport est transmis à la Commission nationale des labels et des certifications de produits agricoles et alimentaires.
L'organisme certificateur tient à la disposition du public des documents décrivant ses conditions générales de certification, ainsi que la liste des groupements et des entreprises bénéficiaires et celle des produits ayant fait l'objet d'une certification, accompagnée, pour chaque produit, d'indications relatives à la nature de la certification délivrée. Sous réserve des échanges d'informations entre organismes certificateurs, nécessaires à l'exécution par ceux-ci de leurs missions de contrôle ou d'information de l'autorité administrative, l'organisme certificateur ne peut rendre publiques les informations confidentielles dont il pourrait avoir connaissance à l'occasion de ses activités.