La formation conduisant au diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière se déroule sur une durée globale de quarante-deux semaines. Elle comporte 1 360 heures d'enseignement dont 660 heures théoriques et 700 heures de stage ou de périodes pratiques. Elle est organisée conformément au référentiel de formation joint en annexe II.
L'enseignement en centre de formation comprend huit modules, dispensés sous forme de cours, de travaux dirigés, de travaux de groupe et de travaux pratiques. Des temps de recherche personnelle sont prévus et insérés dans le projet pédagogique du centre de formation.
Les périodes pratiques ou stages, au nombre de huit, sont réalisées dans les pharmacies à usage intérieur, dans les unités de soins, dans des cellules qualité ou gestion des risques ou en milieu industriel.
Des réunions pédagogiques entre les enseignants et les professionnels chargés d'encadrer les élèves et les apprentis sont organisées afin d'assurer une parfaite cohérence entre l'enseignement en centre de formation et les périodes pratiques.
Chaque période pratique ou stage fait l'objet d'un projet formalisé et individualisé établi par le responsable pédagogique du centre de formation en liaison avec le responsable de l'encadrement de l'élève dans la structure d'accueil. Il définit, à partir des ressources éducatives de la structure et du niveau de formation de l'élève, les objectifs à atteindre, les modalités d'encadrement et les critères d'évaluation.